Sve programske aktivnosti će se sprovoditi u partnerstvu sa Vladom Republike Srbije kako bi se pružila adekvatna podrška nacionalnim institucijama u sprovođenju prioritetnih aktivnosti i politika vlade.
Program vodi Ministarstvo za evropske integracije kao predsedavajući član upravnog odbora programa u saradnji sa drugim ministarstvima i kancelarijama nadležnim za pitanja kojima se bave pojedinačne programske aktivnosti. Pored Delegacije EU u Srbiji kao donatora programa ravnopravni članovi upravnog odbora EU PRO Plus programa takođe su i Ministarstvo privrede, Ministarstvo državne uprave i lokalne samouprave, Ministarstvo za rad, zapošljavanje, boračka i socijalna pitanja, Ministarstvo omladine i sporta i Kancelarija za upravljanje javnim ulaganjima.
Predstavnici Stalna konferencija gradova i opština (SKGO) i Razvojne agencije Srbije (RAS) učestvovaće u radu Upravnog odbora programa kao posmatrači.
Ostale institucije i organizacije uključene u sprovođenje Programa i proces konsultacija obuhvataju, između ostalih, Ministarstvo zdravlja, Ministarstvo prosvete, nauke i tehnološkog razvoja, Ministarstvo trgovine, turizma i telekomunikacija, Ministarstvo zaštite životne sredine. Ministarstvo finansija, Ministarstvo rudarstva i energetike, i Republički sekretarijat za javne politike.